Donator i kësaj xhamie është Sulltan Mehmet Ngadhënjimtari (Fatih), që financoi edhe Xhaminë e Madhe në Prishtinë…
Në bërthamën e Çarshisë së Vjetër në Pejë, ku më parë ishte tregu i hapur, karakteristikë kjo e qyteteve shqiptare, u ndërtua Xhamia Bajrakli.
Ky objekt kulti mysliman u ndërtua në dekadën e shtatë të shekullit XV. Është objekt klasik monumental me skemë të plotë kompozicionale. Donator i kësaj xhamie është Sulltan Mehmet Ngadhënjimtari (Fatih), që financoi edhe Xhaminë e Madhe në Prishtinë.
Në skemën e saj, xhamia përbëhet nga salla e lutjeve, hajati dhe minarja. Salla e lutjeve mbulohet me kube dhe qëndron mbi sistemin pandantiv. Po ashtu edhe hajati është i mbuluar me tri kube të vogla, proporcionale njëra me tjetrën.
Në brendësinë e sallës së lutjeve veçohet mihrabi, mimberi dhe makfili. Interieri spikat me piktura murale, të cilat përmbajnë elemente florale, figura gjeometrike dhe ajete kuranore.
Xhamia karakterizohet edhe për plastikën, skulpturën e imët të saj, si dhe për profilizime të portalit kryesor dhe të dritareve.
Pranë xhamisë janë edhe varrezat e personaliteteve të njohur të qytetit, ku gjenden gjithashtu varri i Haxhi Zekës dhe ai i Ali Pashë Gucisë. Varret kanë nishane dekorative.
Xhamia u dogj nga forcat serbe gjatë luftës së viteve 1998-1999. Pas lufte u bë restaurimi i xhamisë në elemente arkitektonike, po ashtu edhe në ato të pikturës e skulpturës.
